WFP领导机构为执行局，由36个成员国组成。近年来我国一直是WFP执行局成员（2008年除外）。WFP最高领导人为执行干事，由联合国秘书长和粮农组织总干事商执行局后联合任命，任期5年。现任执行干事戴维·比斯利(David Beasley，美国人)于2017年4月就职。

　　WFP的总体组织结构主要包括罗马总部、区域办公室、联络办公室及国家办公室。目前，罗马总部的行政管理层由1名执行干事、6名副执行干事及相关的政策计划、人力资源、法律、财务、监察、评估、申诉等部门负责人组成。区域办公室分别设在曼谷、开罗、达喀尔、约翰内斯堡、内罗毕及巴拿马。联络办公室分别设在日内瓦、阿蒂斯亚贝巴、布鲁塞尔、东京和华盛顿等。