IFAD组织机构主要包括：理事会、执董会和总裁所领导的管理机构。

　　1.理事会（Governing Council）IFAD的所有权力属于理事会。作为IFAD的最高决策机构，理事会由各成员国派出的代表组成，包括理事（Governor）、副理事（Alternate Governor）和指定的顾问（Advisers），理事和副理事一般为成员国部级官员。理事会每年召开一次年度会议，审议上年度工作报告、下年度工作计划和预算，研究决定本基金运营相关的规章和条例、补充捐资、任命或终止总裁的职务、修订贷款政策和贷款条件等重大事项。各成员国根据分配到的一定数量的投票权，由其理事或副理事进行投票表决。

　　2.执行董事会（Executive Board）执行董事会是IFAD仅次于理事会的重要决策机构，负责理事会闭会期间重大政策制定及对贷赠款项目、财务报告、预算和项目投资计划等重大事项的研究决策，指导基金的日常运营。执行董事会由18个执董和18个副执董组成，每届任期三年。其中，A组执董和副执董席位各8个，B组执董和副执董席位各4个，C组执董和副执董席位各6个。

　　3.管理机构IFAD高级管理层包括总裁、副总裁和助理副总裁。总部下设部门主要包括总裁和副总裁办公室、机构服务部、对外关系与治理部、财务运营部、项目管理部、战略与知识部。